1955年12月(yuè)(yuè)，福建省中醫(yī)藥學術研究委員(yuán)會在福州市(shì)延平路(lù)103号成立，下(xià)設秘書組、臨床組、理(lǐ)論組和編輯組。由該委員(yuán)會負責籌建福建省中醫(yī)研究所。

1957年3月(yuè)(yuè)，福建省中醫(yī)研究所在福州市(shì)八一(yī)七中路(lù)746号成立，這(zhè)是福建省曆史上(shàng)第一(yī)個(gè)由國家創辦的中醫(yī)研究機構, 從此, 開啓了(le)全省中醫(yī)中藥科學研究的嶄新(xīn)一(yī)頁。

1973年6月(yuè)(yuè)，在曆經1963年遷址吉祥山、1969年遷址新(xīn)權路(lù)後，1971年再次遷往紅(hóng)山路(lù)（今道山路(lù)），以及多輪撤并後，改名為(wèi)"福建省醫(yī)藥研究所"。

1980年4月(yuè)(yuè)，為(wèi)了(le)加強福建省中醫(yī)研究和醫(yī)學情報(bào)工作(zuò)，促進本省醫(yī)學科學的發展，省衛生(shēng)局研究決定将福建省醫(yī)藥研究所分(fēn)設為(wèi)省中醫(yī)研究所和省醫(yī)學情報(bào)所，因此我所複名為(wèi)"福建省中醫(yī)研究所"。

1983年10月(yuè)(yuè)，考慮到關(guān)于中藥的科學研究部分(fēn)，從專業配置到技術力量、從承擔的課題到取得的成果，都在研究所業務(wù)中占據着很重要的位置，故申請省編委批準改名為(wèi)"福建省中醫(yī)藥研究所"。

1984年底至1985年元月(yuè)(yuè)，研究所完成了(le)成立以來(lái)的第四次大搬遷，從道山路(lù)到現(xiàn)址，即福州市(shì)五四路(lù)282号。新(xīn)科研大樓的落成，是研究所曆史上(shàng)一(yī)件大事(shì)和重大轉折點，結束了(le)多次搬遷之不穩定狀态，科研條件得到一(yī)定程度改善，科技工作(zuò)迅速向縱深拓展，迎來(lái)了(le)又一(yī)個(gè)蓬勃發展期。相繼承擔了(le)國家"七五"、"八五"攻關(guān)重大項目、國家攀登計劃"經絡的研究"和國家"973"計劃項目等，成為(wèi)國家中醫(yī)藥管理(lǐ)局全國重點加強建設的10個(gè)省級獨立中醫(yī)藥科研機構之一(yī)。福建省中醫(yī)藥研究所（老年病用藥）成為(wèi)衛生(shēng)部中藥臨床藥理(lǐ)基地之一(yī)。

1992年8月(yuè)(yuè)，在建所35周年之際，經福建省編委批複同意，更名為(wèi)"福建省中醫(yī)藥研究院"。

2019年12月(yuè)(yuè)，為(wèi)了(le)更好(hǎo)(hǎo)滿足國家中醫(yī)藥重要發展戰略的迫切需要，為(wèi)了(le)更好(hǎo)(hǎo)助力做大做強福建省中醫(yī)藥産業的宏偉目标，為(wèi)了(le)更好(hǎo)(hǎo)推進中醫(yī)藥科研機構的創新(xīn)發展和長遠(yuǎn)建設，經研究并報(bào)省編委批準，更為(wèi)現(xiàn)名：福建省中醫(yī)藥科學院。